分类目录归档：科研&学习

2022
05-03

生信必会的SAM格式，该怎么看？

对高通量测序数据进行比对，就是将测序得到的reads定位到基因组序列上，对illumina或454得到的short reads比对的软件主要有Bowtie BWA HISAT Tophat。SAM格式，是序列比对文件的格式。分为头部区和主体区，都以tab分列。@HD VN:1.0 SO:unsorted头部区第一行，VN是格式版本，SO是比对的类型，有unknown,unsorted,q...阅读... 阅 读 全 部 >
2022
05-03

Nature重磅综述 |关于RNA-seq，你想知道的都在这

编译 |生信宝典，May校对 |生信宝典生物信息学习的正确姿势NGS系列文章包括NGS基础 、 高颜值在线绘图和分析 、转录组分析 （ Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这 ）、ChIP-seq分析 （ChIP-seq基本分析流程 ）、单细胞测序分析 (重磅综述：三万字长文读懂单细胞RNA测序分析的最佳实践教程 )、DNA甲基化分析、重测序分析、GEO数据挖掘（典型医...阅读... 阅 读 全 部 >
2022
05-02

分析数据时你可能遇到一些奇奇怪怪的符号……

在分析数据的时候，不管是数据表格中还是脚本中经常会出现一些奇奇怪怪的符号。这些符号中有些符号用法简单，而另一些符号功能特别强大。下面就以R语言为例，为大家整理一下常见符号的功能用法。NaN“Not a Number”的缩写，非数值，NaN参与运算时返回NaN。a <- 0/0a#[1] NaNa+1#[1] NaNNA“Not available”的缩写...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
2022
05-02

图形解读系列 | 散点图也不简单

识图：先理解 每个点是什么 （点代表基因、样品、通路或其它的，这个认识可以来自于常识，来自于自己对数据的认识，或来自于文章作者的描述），然后看 横轴代表什么 、 纵轴代表什么 ，再看图例中展示的其他信息如颜色、大小和形状分别代表什么。这些都理顺了，图理解就不难了。来源：https://www.r-graph-gallery.com/272-basic-scatterpl...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
2022
05-02

在Amazon Web Services中使用R语言运行模拟

原文链接：http://tecdat.cn/?p=6339我最近一直做R中的一些模拟研究，涉及计算机密集型MCMC采样。通常我会使用我所在机构的计算集群来做这些，利用大量的计算机核心，但暂时缺乏这种可用性导致我调查使用亚马逊的Web服务（AWS）系统。在这篇文章中，我将描述我在R中进行模拟的步骤。使用Amazon Web Services进行初始设置首先注册ht...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
2022
05-01

使用GIS制作静态地图和处理地理数据

原文链接：http://tecdat.cn/?p=8032可以直接从R / RStudio制作在线交互式图表和地图。配置启动RStudio，创建一个新的RScript，然后将工作目录设置为下载的数据文件夹。使ggplot2图表成为交互式Plotly图表制作交互式 点线图以下代码将安装并加载程序包（该程序还将自动加载ggplot2），加载readr和dplyr，然...阅读全文>>... 阅 读 全 部 >
2022
05-01

Volcano plot | 别再问我这为什么是火山图 （在线轻松绘制）

封面来源于：Pixabay+易生信生物信息学习的正确姿势NGS系列文章包括、 高颜值在线绘图和分析 、转录组分析 ）、ChIP-seq分析 （）、单细胞测序分析 ()、DNA甲基化分析、重测序分析、GEO数据挖掘（） 、 批次效应处理 等内容 。所以关注火山图（其它类型图也是），先理解 每个点是什么 （点代表基因、样品、通路或其它的，这个认识可以来自于常识，更准确的是看作者的描述），然后...阅读... 阅 读 全 部 >
2022
05-01

差异基因表达分析，如何寻找差异表达的基因？

这里我们就要讲讲如何从海量的芯片数据中寻找到差异表达的基因。首先，我们得知道为什么我们需要找这些差异表达的基因。其实在肿瘤的发生发展过程中，很多平时沉默的基因开始高表达，而原本那些正常表达的基因，它们的表达量可能就会下调。也恰恰这些与平时正常基因表达量发生变化的基因，它们的存在启动了肿瘤的发生。所以，如果我们要研究肿瘤发生的机制，研究这些差异表达的基因是必不可少的。利用在线工具...阅读全文>... 阅 读 全 部 >
2022
05-01

图说转录组——啥也别说，你要的都在图里了！

转录组作为研究分子机制最常用的科研手段，几乎每个科研工作者都会与它有那么一两段缘分，今天就带大家一起来通过图说的形式，了解下转录组结果中的重点分析内容，闲话不多说，上干货！图说一、 生物学重复平行性检验-相关性分析热图+PCA图转录组测序目前普遍要求进行检测的每个组别，是少需要三个生物学重复，以保证结果的科学性。生物学重复的平行性越好，重复作为一个组呈现时，分析的结果越可靠，因此，...阅读全文&... 阅 读 全 部 >
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